Медресе построен в ХV веке по инициативе Абдулатифа - сына знаменитого астронома и философа Улугбека. Расшифровка хронограммы, которая была написана над его главным входом подтверждат, что этот памятник был построен Абдулатифом в 937 г. (1530-1531) Об этом свидетельствуют и архигеолочно-раскопочные работы территории медресе. 
В 50-ие годы XX века Советская власть начала реставрационные работы в медресе. Они продолжались почти 10 лет и остались незаконченными. Только в 1998 году по инициативе председателя области Касымова К.Р. были выделены средства из Согдийского областного бюджета и медресе отреставрировали. 

Судя по документам в 1899 г. в медресе учились 44 муллобача (студента) и преподавали 8 мударрисов (учителей).